医療費控除とセルフメディケーション税制、両方申告すればもっと得するのでは？

医療費控除は「治療にかかった実費」を広く拾う制度

国税庁の説明によれば、医療費控除の対象となるのは「自己または生計を一にする配偶者・親族のために、その年の1月1日から12月31日までに支払った医療費」で、控除額は（実際に支払った医療費の合計額－保険金等で補填される金額）－10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5%）という式で計算され、上限は200万円になる。対象になるのは病院・歯科医院での診療費、治療のために処方された医薬品代、通院にかかった交通費などで、健康診断や人間ドックの費用（結果的に重大な病気が見つかり治療につながった場合を除く）、病気の予防やビタミン補給が目的の医薬品、美容目的の費用は対象外とされている。

この制度を受けるには、給与所得者であっても確定申告が必要になる。年末調整だけでは処理されない所得控除で、医療費の明細書を作成して確定申告書に添付するか、確定申告期限から5年間は領収書の提示・提出を求められる場合がある。

aiko

毎年病院に何十万も払ってる人ばっかり得する制度ってことじゃな。うちみたいに薬局で頭痛薬とか胃薬をちょこちょこ買うだけの家は、結局10万円なんて届かんのじゃない？

sa-tan

そうなんです。実は国もそこを見込んで、10万円に届かない人向けに別の入口を用意してるんですよ。それが次に話すセルフメディケーション税制で、下限がぐっと下がるんです。

セルフメディケーション税制は「薬局のレシート」専用の別入口

セルフメディケーション税制は、医師の処方薬がドラッグストアで買える市販薬に転用された「スイッチOTC医薬品」等の購入費を対象に、年間1万2,000円を超えた部分（上限8万8,000円）を所得控除できる、医療費控除の特例である。対象商品にはレシートや商品パッケージに識別マークが表示されている。

適用を受けるには、その年に本人が「健康の保持増進および疾病の予防への取組」を行っている必要がある。国税庁は具体的な取組を次の6項目に整理している。

取組を行っていない年は、対象医薬品をいくら買っても控除は受けられない。取組を証明する書類は確定申告書への添付・提出は不要だが、税務署から確認を求められる場合に備え、確定申告期限等から5年間保管する。人間ドックそのものの費用はこの特例の対象には含まれず、あくまで「取組をした証明」として扱われる。

aiko

待って、ただ薬局でスイッチOTC買うだけじゃダメで、健康診断とか予防接種も別に受けてないと使えんのか。知らんかったら普通に損しとるやつじゃな。

sa-tan

はい。会社員なら勤務先の定期健康診断も対象の取組です。証明書類は申告時に添付しなくてよいものの、税務署から求められる場合があるので、申告期限等から5年間は保管しておく必要があります。

なぜ両方は使えないのか

つまり両者は2つの独立した制度ではなく、1つの「医療費控除」という制度の中にある二択にすぎない。しかも国税庁の同じ資料は念を押すように、セルフメディケーション税制を選んだ場合、対象となる特定一般用医薬品等購入費以外の医療費（通院費など）が通常の医療費控除の下限額を超えていたとしても、通常の医療費控除を併せて受けることはできない、としている。さらに一度どちらかを選んで確定申告書を提出すると、その後に更正の請求や修正申告でもう一方へ切り替えることはできない、と明記されている。根拠となる法令は所得税法73条・租税特別措置法41条の17である。

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aiko

えっ、じゃあ「とりあえずセルフメディケーションで出しといて、あとで病院代の方が高かったって気づいても」もう変更できんの？

sa-tan

できないんです。だから出す前にどちらが多く引けるかを計算しておく必要があって、それが次の話になるんですよ。

結局どちらが得なのか——編集部で3パターン試算した

上で確認した2つの計算式に、実際の医療費の内訳を当てはめると、どちらが得かは「病院代など通常の医療費がどれだけあるか」と「そのうち市販薬（スイッチOTC）がどれだけを占めるか」の比率で決まる。以下は国税庁が公表している計算式（前述）どおりに編集部で試算した例で、実在の申告事例ではない。総所得金額等は200万円以上（下限額は一律10万円）を前提にしている。

目安は「通常の医療費（OTCも含めた全体）が10万円をどれだけ超えているか」と「そのうちOTCの取り分」の2つを、確定申告の前に両方の式へ当てはめてみることに尽きる。OTC医薬品しかレシートがない年、あるいは通院費が少ない年はセルフメディケーション税制、入院や手術など通院費がかさんだ年は通常の医療費控除が有利になりやすい。

aiko

なるほどのう。じゃあ「毎年同じ方を選んでおけば安心」ってわけでもなさそうじゃな。

sa-tan

そうなんです。同じ人でも、大きな病気をした年としてない年で有利な方が入れ替わることがあるので、確定申告のたびにレシートを仕分けて両方計算してから選ぶしかないんですよね。

医療費控除については、別記事でふるさと納税との関係も扱いました。医療費控除を受けるために確定申告をすると、先にふるさと納税のワンストップ特例を申請していても、その申請が自動的に無効になってしまうんです。ワンストップ特例を使っている人は、医療費控除の申告を検討するときにこの点もあわせて確認しておいた方がいいですよ。

令和8年12月末で切れるはずが、一部だけ延長が決まっている

セルフメディケーション税制は平成29年（2017年）1月1日に創設された時限措置で、国税庁のタックスアンサー（令和7年4月1日現在法令等）でも適用期限は令和8年（2026年）12月31日までとされている。今年12月末で制度そのものが終わるように見えるが、厚生労働省が公表した「令和8年度税制改正の概要」（令和7年12月）によれば、令和8年度税制改正大綱で期限の見直しが既に決まっている。

つまり、2026年分の申告まではこれまでどおりの制度が生きており、2027年分からは対象品目の入れ替えを伴った延長版に切り替わるという段階になっている。公開時点（2026年8月31日）は改正の詳細（対象医薬品の追加・除外リスト）を今後反映する見込みとしていたが、2026年9月24日現在、厚生労働省の公式ページで令和9年1月1日施行の改正後法令と令和8年9月1日時点の対象品目一覧が公開されている。2026年分は現行の対象品目、2027年分は改正後の対象品目一覧と購入時のレシート表示を確認して申告する段階に進んでいる。

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aiko

今年で終わると思って駆け込みで薬局レシート集めてる人がおったら、実はそこまで焦らんでよかったってことじゃな。

sa-tan

スイッチOTC医薬品に関してはそうですね。ただ対象品目の入れ替えは実際にあるので、2027年分からは今まで対象だった商品が対象外になったり、逆に新しく対象に入ったりする可能性があります。毎年、購入時のレシートに識別マークが付いているかを都度確認するくせをつけておくのが一番確実だと思います。

主な参照資料:

• 国税庁 No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」 — 通常の医療費控除の計算式・下限額・上限額・確定申告の必要性
• 国税庁 No.1122「医療費控除の対象となる医療費」 — 対象になる医療費・ならない医療費の区分
• 国税庁 No.1129「特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】」 — セルフメディケーション税制の計算式・「一定の取組」6項目・適用期限
• 国税庁 No.1131「セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」 — 併用不可・選択後の変更不可の根拠
• 国税庁 No.1133「セルフメディケーション税制の適用を受けられる方」 — 「一定の取組」の法令上の定義
• 厚生労働省「令和8年度税制改正の概要（厚生労働省関係）」（令和7年12月） — セルフメディケーション税制の適用期限見直し（スイッチOTC恒久化・令和9年以降適用）
• 厚生労働省「セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）について」 — 令和9年1月1日施行の改正後法令と令和8年9月1日時点の対象品目一覧